毕业证书相同，只是录取方式有差别。
1、条件不同：自主招生主要考察学生的综合素质，与应试教育有很大不同。现已在很多重点大学开始实行。参加自主招生考试，可增加录取的可能性。因为只要自主招生考试通过，就可以享受降分录取的优惠政策，前提是一志愿报考本校。一般只有一个。因为自主招生考试时间一般是相同的，则只能参加一个学校的自主招生。反正在北京是这样。一般来讲，参加自主招生，必须参加高考。两者是不矛盾的。
2、要求不同：自主招生择校原则一般有两种，一是选择正常的比赛条件，以裸成绩排名不能达到，依靠自主招生分数进入学校。二是选择正常的比赛条件，以**得分排名，才进入这所学校。2015年，独立招生进入考场。
3、压力不同：自主招生录取后学生可以继续参加普通高考，如果考上本科同样能被本科院校录取。
自主招生录取等同于高考录取，对考生来说等于多一次机会。参加自主招生被录取的考生，等于已有保障，减少高考压力，更有利于发挥自身水平。
百度百科-自主招生
百度百科-高考录取
一、选拔目标不同
定义：自主招生又称自主选拔，是由高校拿出一定比例的招生名额，在高考的基础上通过院校的综合评价体系（笔试、面试考核），选拔出具有学科特长和创新潜质的优秀学生。最终获得拟录取资格的考生在高考成绩达到院校标准时可在高考录取中享有一定的投档及专业录取优惠。
从自主招生的定义中不难看出，自主招生是建立在高考的基础上进行的。自主招生主要选拔的是具有学科特长和创新潜质的优秀学生，而高考更看重的是考生的综合成绩。从历年自主招生报名条件来看，高校主要招收竞赛类、科创类等考生，虽然综合成绩及单科成绩也可以报名参加自主招生，但这类高校较少，2018年只有14所高校在简章中有明确说明。
二、选拔方式不同
从近几年90所高校自主招生考试模式来看，测试的方式的多样性的。大多数高校采用的是笔试+面试的考试方式进行选拔，部分高校已经取消的笔试只进行面试测试，当然还有一些高校为选拔更加符合专业培养的特色人才，在自主招生中设置个性化专业测试或附加测试等。而高考的考试模式不用多说，相信各位家长及考生也是非常了解的。
在这里需要家长和考生特别主要的是，参加了自主招生测试还需要参加高考吗？需要参加。自主招生测试结果不能代替高考，自主招生获得的优惠，必须在高校的基础上才能发挥作用。
三、招生名额不同
自主招生计划是高校拿出一定比例的高考招生名额，具体人数为高校招生计划的5%左右。其次，这些名额不会特定针对某个省份，而是面向全国考生的（不包括只针对本省招生的高校），只要符合条件都可以提出申请，通过高校考核就可以拿到高校5-60分不等的加分，甚至降至一本线录取的优惠。
具体的加分优惠政策，可以分为线上加分和线下加分两种情况。线上和线下加分的区别在于，线下加分用于学生高考成绩低于该校高考录取分数线的情况，用于保证学生顺利进入该校就读;线上加分一般用于具体的专业录取环节，可以帮助学生进入竞争更为激烈的热门专业就读。而降分录取是另一种情况，即对通过自主招生的学生，学校方面可以在高考时主动降低针对该学生的录取分数线，但这样的情况往往导致学生“易进大门、难进小门”，在具体的专业录取方面会有一定的劣势。具体哪所学校会采取哪种政策，还需报考者熟悉。
在自主招生考试的过程中，一般有三类考生在自主招生考试中比较有优势：1，参加全国或省级赛区英语或作文赛事，并获取名次的考生；2，单科成绩（如物理、化学或者生物等）特别出色；3、有特殊才能（艺术、体育）的考生。具体而言，有以下特点的考生比较容易在自主招生考试中获取优势：1，在重点中学就读的学生，并且如果本校的学生往年有通过自主招生考试的学生更佳；2，学生所属高中被某些高校（如北大）设定为有校长推荐制的资格，并且该生已经获得校长推荐资格；3，学生在本高中的排名，有些自主招生院校会要求学生在高中的排名（如有些学校要求参加本校自主招生考试的考生在本校的排名为前20%）；4，这一条也是最容易会被忽视的，考生对自己有清晰的准确的定位和对自主招生高校有比较切合、匹配的选择。考生对自主招生考试高校信息的了解、对自主招生考试的把握和对自主招生报名等步骤的明确，对自主招生考试的顺利通过都大有裨益。
高校自主招生的利
1、低分也能上名校：低分上名校，在自主招生面前并非空话，因为高校自主招生是高中阶段最佳的加分增效途径，优惠力度非常诱人。自主招生成功后，即可获得降10－60不等的分数，有些院校给予的优惠幅度甚至可以低至当地本科一批线。而参加自主招生的90所院校，绝大多数为985和211优质名校，也许在高考中心仪的名校很有可能就差那20分。
2、自招帮你树目标：自主招生可以让考生提前树立冲刺目标，当众多考生的高考目标都还只是考高分的时候，部分考生通过自主招生已经确立了高分之外更清晰的目标院校。一个能看得见的彼岸，定会使考生的心态向更加积极主动的方向转变，当然这不仅是努力的方向，更是对考生的鞭策。
与此同时考生如果能够在高考之前通过审核，意味着他的志愿已经上了双重保险，会给参加高考的孩子减轻心理压力，好的心态定会考出更好的成绩。
3、唯才是举：虽然自主招生面向所有考生招生，但是他的受众群体多以偏才怪才，创新型的学生为主，是“按图索骥”和“唯才是举”，并不是唯分数论的“掐尖”选拔，所以如果学生能够通过自主招生，基本会进入到考生感兴趣并擅长的领域。而兴趣和热情将是通往成功最大的捷径。
高校自主招生的弊端
1、自主招生的实际效果与期望之间有不少偏差，自主招生考试与99.9%以上的考生没有直接关系，较大规模自主招生联盟的出现使得自主招生笔试更像另一次高考。
2、对考生总体来说，这是一次机会不均等的不公平竞争。实际上这是在高考之外给某些人开了“一扇后门”，在现有行政管理体制不甚完善的状态下，谁也不敢保证在有些招生环节不会滋生**现象。
3、各个高校之间互出奇招“抢生源”，有些大学自主招生宣传上声称给“偏才”开绿灯，有的以出偏题吸引眼球，有的学校被媒体评为“写篇评论就能上大学”等，这些均与促进中学素质教育的初衷相去甚远。
4、两大联考同盟，把考试放在同一天进行，这种排他性的竞争有悖真正的自主招生，很有一种垄断竞争的味道。
自主招生比较好，因为一旦考上大学之后会有更多的机会和更广阔的视野等待着考生，而高职考试虽然简单，但是以后的生活会就此固定，重复着日复一日的单调生活。
自主招生又称自主选拔，是高校选拔录取工作改革的重要环节。包括国家重点大学自主招生与高职自主招生两大类。2003年，中国教育部开始推行自主招生，结束了此前高校只能在每年同一时间招考的历史。
2014年11月，根据国务院考试招生改革整体精神，2015年起，自主招生考试应将安排在全国统一高考后进行，自主招生试点高校或将仍允许安排笔试环节。
自主招生大学与正常考的大学没有什么区别，只是在考生的录取环节或者是考试过程中会有一定的区别，区别如下：
自主招生又称自主选拔，是高校选拔录取工作改革的重要环节。包括国家重点大学自主招生与高职自主招生两大类。
通过高考自主招生笔试和面试之后，可以得到相应的高考降分政策，一般通过考试后招生学校会与其签订招生考试合同，签订合同后，一般可享受降低10分至几十分录取的优惠政策，另外还有专业选择方面的优惠，具体合同要与学校谈。
目前，国内一些高中也采取了自主招生的方式预先招收优秀初三学生，预录取考生需参加初中毕业学业考试，预录取的考生携带户口本原件和复印件、初中毕业证书原件和复印件到校报到、核验证书，并参加学校组织的军训和入学教育，完成军训任务及入学教育的学生即可被正式录取。
普通高等学校招生全国统一考试简称普通高考，根据中华人民共和国教育部颁布的《高等学校招生全国统一考试考务工作规定》， 高等学校招生全国统一考试是国家教育考试，全国各地均于每年的6月7日开考并依各省情况持续2至3天。
普通高等学校招生全国统一考试为中华人民共和国大陆地区高等学校入学招生考试的专有名词。以区别于其他国家和地区的高等学校入学考试。